Le relief de la commune de Kafountine est plat avec des dénivellations du plateau vers la mer. Par ailleurs, on distingue trois types de sols :
- sols argileux- rizicultivables, 129,78km2 soit 40% ; ,
- sols deck-dior : 162, 225 km2 soit 50% ;
- sols dior : 32,445 km2 soit 10%.
Dans les îles, les sols y sont essentiellement du domaine marin salé et sursalé. Toutefois, on y rencontre des sols de plateaux propices aux cultures pluviales et maraîchères.
Dans la partie continentale, la végétation est composée d’essences forestières comme les rôniers, nérés, ditakh, palmier à huile, cailcédrat, kadd, fromager et des espèces rampantes (maad, toll). Cette partie fait l’objet d’un fort déboisement pour l’aménagement des vergers et l’extension des zones d’habitat.
Dans la partie insulaire, le couvert végétal est très diversifié avec une prédominance des palétuviers (mangrove). On y rencontre aussi des palmiers à huile, des cocotiers, parinari macrophila ; des espèces rampantes et ligneuses, des fromagers et des baobabs.
La Commune de Kafountine ne possède pas de forêts classées. On y trouve cependant quelques réserves protégées à Kalissaye, Bitine et Kassel qui abritent des oiseaux migrateurs.
La Commune se caractérise par la diversité de sa faune. On y rencontre des espèces aviaires comme des pélicans, des perdrix, des hérons, des aigrettes, des grues, des flamants roses, des cormorans, des ibis sacrés, des vautours des mammifères sauvages comme des singes, des biches, des lièvres, et les reptiles comme des serpents, des tortues marins, des crocodiles….